104年綜所稅第二批退稅，即將於10月31日起進行作業，全台總計約有31萬件，退稅金額達36億元。若有提供指定帳戶的退稅人將直接撥入，其餘則寄發退稅憑單，再由民眾向指定的金融機構兌領。
第二批退稅對象為5月10日以前，向非戶籍所在地國稅局申報，以及5月11日後，申報屬人工、二維條碼與稅額試算紙本回覆等案件。其中台北國稅局所轄退稅件數達5萬餘件，退稅金額為10.9億餘元；南區國稅局所轄退稅案件約3.7萬件、退稅金額約2.9億元。
財政部表示，第二批退稅件數相較於去(104)年，出現銳減情形，推測與可扣抵稅額減半新政策實施首年有關，而第一批的退稅件數，其實也有同樣的現象，比起去年減少許多。
按照現行作業，綜所稅退稅方式有直撥退稅及一般退稅兩種，採直撥退稅者，納稅義務人申報時只要填妥金融機構或郵局存款帳戶，退稅款在10月31日當天就會直接撥入該指定帳戶。至於一般退稅者，則是寄發退稅憑單予受退稅人，金額不滿5,000元的小額退稅，可就近向指定付款銀行兌領現金，其餘均須提出票據交換才能領到退稅款。
財政部指出，過去經常有民眾把退稅支票或退稅憑單弄丟，此時須以書面向戶籍所在地的稅捐稽徵機關申請補發，等支票或憑單兌領期限屆滿，確認無重複兌領情事後才會補發，不但耗時且手續複雜，因此建議採用存款帳號直撥退稅，較為簡便。
財政部並強調，未收到本批退稅的民眾，將納入最後一批退稅，也就是在明(106)年1月20日。民眾若申報時未提供退稅帳戶，會於退稅前收到「104年度綜合所得稅結算申報使用直接劃撥退稅同意書」，詳實填寫並親自簽名或蓋章後，於同意書所定的期限內，以親自遞送或掛號郵寄至所轄分局、稽徵所，就能改為直撥退稅，免除兌領的麻煩手續。
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