去(2016)年底，先在日韓發現的H5N6禽流感病毒，直到今(2017)年2月，才出現在台灣。不過，上(11)月在日本發現野鳥攜帶的H5N6禽流感病毒，已於12月1日出現在台灣，並造成來台渡冬的黑面琵鷺死亡。農委會隨即針對禽流感防疫工作上緊發條，將自12月11日起，啟動鴨場、土雞場監測措施。
12月1日在台南市安南區拾獲一隻黑面琵鷺屍體，經採檢後，於今(4)天確診為H5N6亞型高病原性禽流感病毒，且該亞型與今年2月發現的H5N6亞型不同，卻與11月日本發現野鳥身上的H5N6亞型相同，其HA基因和上一季在歐洲大流行的H5N8病毒的HA基因相近，相似度約99％；NA基因則與歐亞大陸廣泛分布野生禽鳥的HxN6亞型病毒相近。
上月在日本根島縣死亡的野鳥屍體，以及韓國全羅北道一場肉鴨場，檢出H5N6亞型禽流感病毒，不到1個月台灣就發現H5N6亞型禽流感病毒，傳播速度比上個冬季加快許多。H5N6禽流感病毒之所以受到重視，就是因為年初在台灣出現的H5N6病毒，在中國曾經發生過禽傳人的案例，因此各國均加強防疫。不過，這次發現的H5N6禽流感病毒尚未傳出禽傳人的案例。
農委會宣布啟動的加強防疫措施，包括野鳥屍體拾獲地點半徑5公里內禽場移動管制及採樣，並加強消毒；全國濕地周邊半徑3公里內禽場主動監測；12月11日起，針對違反「H5、H7亞型禽流感防治措施」的鴨場進行監測，彰化以南的土雞場也啟動每月90場頻度的監測計畫。同時，要求地方動物防疫機關輔導禽場落實消毒防疫；加強屠宰衛生檢查獸醫師的教育訓練。並按程序通報OIE世界動物衛生組織。
由於零期發生的禽流感案例，多數是在屠宰場發現，因此農委會主委林聰賢今晚前往新北市家禽運銷合作社及屠宰場視察，關切是否落實運輸載具及現貨場的防疫措施。林聰賢指出，農委會今年新增多項防疫規定，有土雞箱籠配掛溯源標示牌、土雞縮短出雞時程，增強水禽、土雞、蛋雞的預警監測頻度等。
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